Identification of novel gammaherpesviruses in North American carnivores
Notice bibliographique
Résumé
We investigated the diversity of gammaherpesviruses (GHVs) present in North American carnivorans using GHV-targeted consensus PCR to amplify viral glycoprotein B (gB) and DNA polymerase (Dpol) genes. For each unique GHV identified, we sequenced a 3.5 kb region spanning gB to Dpol. Screening of spleen DNA from 263 individual animals comprising 17 carnivoran species from 7 families resulted in the identification of 8 unique GHVs, each associated with a single host species. We identified five viruses from mustelid species (ermine, marten, mink, fisher, and river otter) and the first GHV from a mephitid (skunk) host. These six GHVs clustered phylogenetically within the Percavirus genus, forming a distinct carnivoran percavirus clade. Within this clade, viruses clustered by host family, suggesting host family-specific viral adaptation. Co-phylogenetic analysis of virus and host indicated that while cross-species transmission likely shaped the evolution of carnivoran percaviruses, most virus transfers between species likely occurred within host families. We further identified unique GHVs in black bears and raccoons that clustered together phylogenetically, but did not cluster into established GHV genera. These results support the existence of a unique and divergent group of GHVs in bear and raccoon hosts. In addition, we detected black bear GHV in brain tissue from bears with and without encephalitis, suggesting that a potential relationship between bear GHV and neurologic disease will require additional study. In summary, we identified 8 unique carnivore GHVs, each associated with a distinct host species. Identification of these potential pathogens will aid in future investigation of wildlife diseases. • Screened 17 North American carnivoran species for gammaherpesviruses (GHVs) • Identified 8 unique GHVs, each associated with a distinct host species • Discovered the first GHV from a mephitid (skunk) host • GHVs from bears and raccoons form a highly divergent phylogenetic clade • Mustelid and mephitid GHVs cluster with other carnivoran GHVs in genus Percavirus
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».