Phylogenomics and species delimitation in the brown snake <i>Storeria dekayi</i> (Natricidae)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The brown snake, Storeria dekayi , is distributed across southeastern Canada, the eastern United States, and eastern Mexico, with isolated records in Central America. Despite its broad range, S. dekayi is currently recognized as a single species. Historically, eight subspecies were described based primarily on head coloration patterns, but subsequent genomic analyses of populations from the U.S.A led to their synonymization. Recently, a population discovered in the Cuatro Cienegas Basin, Coahuila, Mexico has been suggested to represent an undescribed endemic species. The aim of this study is to investigate the relationships within S. dekayi , with an emphasis on the previously unstudied populations from Mexico and Central America. To this end, we generated genomic data (ddRADseq) to conduct phylogenetic analyses, species-tree estimation, population-structure analyses, and species delimitation. Concatenated likelihood analyses estimated a tree in which populations of S. dekayi from the south-central U.S. were paraphyletic relative to an undescribed species from the Cuatro Cienegas Basin. Population structure and species delimitation analyses suggest the existence of three distinct species, including the populations from eastern North America (recognized as S. dekayi ), the population from Cuatro Cienegas, and the populations of S. dekayi from eastern Mexico and Central America. However, we conservatively recognize only two species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».