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Enregistrement W4415763225 · doi:10.1101/2025.10.31.685953

A molecular map of the human spinal dorsal and ventral horn defines arrangement of neuronal types and glial sex differences

2025· preprint· en· W4415763225 sur OpenAlexaff
Olivia Davis, Seph M. Palomino, Satoshi Ishishita, Helen Poldsam, Jane Brandon, Nikhil Nageshwar Inturi, Hemanth Mydugolam, Ibrahim Khan, Nethra Selvakumaran, Stephanie Shiers, Muhammad Saad Yousuf, Erin Vines, Peter Horton, Tariq Khan, Anna Cervantes, Jeffrey C. Reese, Amol Patwardhan, Gregory Dussor, Eric Meyers, Diana Tavares‐Ferreira, Allan‐Hermann Pool, Theodore J. Price

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2025
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSingle-cell and spatial transcriptomics
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesUniversity of Texas at Dallas
Mots-clésSpinal cordLumbar Spinal CordSexual dimorphismDorsumNeuroanatomyCentral nervous systemSensory systemCell type

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The spinal cord is the gateway for sensory information from the body as it ascends to the brain, as well as a major motor output center of the nervous system. It is also a key location for sensory-motor integration, and a processing site for nociceptive information that eventually drives pain perception in the brain. Tremendous progress has been made in understanding spinal cord circuits using genetic and single cell sequencing approaches in mice. Recently, several groups have conducted single-nucleus and spatial sequencing studies in postmortem human spinal cord tissue. However, the spatial properties of spinal cord cellular diversity and potential sex differences that might be important for human physiology remain unexplored. We conducted deep single-nucleus sequencing on dissected lumbar dorsal and ventral spinal cord samples from 11 organ donors, including 6 females and 5 males, and anatomically annotated spinal cord cell types with 10X Xenium single-molecule spatial transcriptomics. We identified 34 spatially and genetically defined neuron classes, many of which have clearly recognizable conserved orthologs in the rodent spinal cord. We also identified sex specific cell types and states within multiple glial types, but not neurons, demonstrating sexual dimorphism at the transcriptomic cell-type level in the adult human spinal cord. The spatial and single-nucleus atlas resulting from our work build upon previous knowledge to better understand human spinal cord physiology and to identify drug targets for neurological diseases affecting the spinal cord, in particular pain.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,142
Score d'incertitude au seuil0,898

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,214
Écart entre enseignants0,202 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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