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Enregistrement W4415766681 · doi:10.1016/j.cancergen.2025.10.106

Current state of diagnostic genetic testing in pediatric sarcoma: Survey and review by the Cancer Genomics Consortium Sarcoma Working Group

2025· review· en· W4415766681 sur OpenAlex
Kathleen M. Schieffer, Renu Bajaj, Selene C. Koo, Josée Lavoie, Dolores H. López Terrada, Xinyan Lu, Minjie Luo, Thuy L. Phung, Teresa A. Smolarek, Maxine J. Sutcliffe, Jennelle C. Hodge

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
aboutLe titre ou le résumé porte un signal canadien du lexique géographique.

Notice bibliographique

RevueCancer Genetics · 2025
Typereview
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueSarcoma Diagnosis and Treatment
Établissements canadiensMcGill University Health Centre
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésGenetic testingGenomicsExome sequencingPediatric cancerMolecular diagnosticsGenetic counselingExomeWorkflowSarcoma

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The genomic landscape of pediatric sarcomas is constantly expanding, and the utilization of integrated cytogenetic and molecular evaluation of these tumors for diagnosis, prognostication, and therapeutic implications continues to evolve. As a result, there are diverse approaches to the clinical practice of genomic testing in pediatric sarcomas. The Cancer Genomics Consortium Sarcoma Working Group conducted a survey to understand the current state of diagnostic genetic testing for pediatric sarcomas and assess the challenges faced in the field. Among 46 respondents across the United States and Canada, most utilized conventional karyotyping (61 %) and/or fluorescence in situ hybridization (87 %). Molecular methodologies, such as chromosomal microarray (30 %), targeted RT-PCR (22 %), gene fusion sequencing panels (35 %), pan-cancer sequencing panels (37 %), exome sequencing (11 %), and genome sequencing (7 %) were less frequently implemented clinically. When asked about challenges in the field of pediatric sarcoma, a scarcity of standard practice testing guidelines was noted most commonly, especially in the setting of limited tissue availability. Systematic evidence reviews and guidelines are needed for pediatric sarcomas with a consideration for multidisciplinary and international collaboration of individuals representing both high- and low-resource settings. As a resource in the interim, three case-based testing workflow scenarios are presented based on working group member experience to illustrate how differing technologies could be applied during evaluation considering diagnostic, prognostic and/or therapeutic needs. Finally, emerging technologies that are being applied to the diagnostic genetic evaluation of pediatric sarcomas are described, which upon implementation, may serve to streamline the work-up and further optimize patient care.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,650
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,083
Tête enseignante GPT0,364
Écart entre enseignants0,281 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle