Within-Subtype HIV-1 Polymorphisms and Their Impacts on Intact Proviral DNA Assay (IPDA) for Viral Reservoir Quantification
Notice bibliographique
Résumé
The Intact Proviral DNA Assay (IPDA) is widely used to quantify genome-intact HIV proviruses in people living with HIV, but viral sequence diversity has been observed to cause assay failures due to primer/probe mismatches. Adapted for subtype C, IPDA-BC is a modified version of the IPDA validated on South African HIV-1 subtype C. India is also impacted by subtype C, but IPDA performance within-subtype across geographical regions is not well studied. We analyzed Indian (IN) and South African (ZA) subtype C sequences in silico, hypothesizing that IPDA-BC may underperform with IN viruses. Primer/probe binding was predicted using three increasingly stringent nucleotide mismatch criteria, whose sensitivity and specificity were evaluated against experimental IPDA outcomes. Phylogenetic analyses confirmed that IN and ZA subtype C sequences form distinct clusters with significant compartmentalization (p < 0.003). Across criteria, up to 6–10% decreases in primer/probe binding were observed in IN versus ZA, with the env forward primer being the most affected. These criteria showed low sensitivity (18–53%) and variable specificity (67–100%) in predicting experimental outcomes. In conclusion, even within subtype, HIV-1 variation across geographical regions may impact IPDA performance, underscoring the need for improved predictive models to guide assay design for global HIV cure research.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».