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Enregistrement W4415814107 · doi:10.1038/s41467-025-65783-z

AI-powered spatial cell phenomics enhances risk stratification in non-small cell lung cancer

2025· article· en· W4415814107 sur OpenAlexfundno aff
Simon Schallenberg, Gabriel Dernbach, Sharon Ruane, Philipp Jurmeister, Cornelius Böhm, Kai Standvoss, Marco Frentsch, Mihnea P. Dragomir, Philipp Keyl, Corinna Friedrich, Il‐Kang Na, Sabine Merkelbach‐Bruse, Alexander Quaas, Nikolaj Frost, Kyrill Boschung, Winfried Randerath, Georg Schlachtenberger, Matthias Heldwein, Ulrich Keilholz, Khosro Hekmat, Jens‐Carsten Rückert, Reinhard Büttner, Angela Vasaturo, David Horst, Lukas Ruff, Maximilian Alber, Klaus-Robert Müller, Frederick Klauschen

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSingle-cell and spatial transcriptomics
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesBerlin Center for Machine LearningBanting and Best Diabetes Centre, University of TorontoBundesministerium für Bildung und ForschungBerlin Institute of HealthInstitute for Information and Communications Technology PromotionDeutschen Konsortium für Translationale KrebsforschungKorea UniversityMinistry of Science and ICT, South Korea
Mots-clésLung cancerRisk stratificationTumor microenvironmentCellCancerImmune systemAdenocarcinomaMultiplex

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Risk stratification remains a critical challenge in non-small cell lung cancer patients for optimal therapy selection. In this study, we develop an artificial intelligence-powered spatial cellomics approach that combines histology, multiplex immunofluorescence imaging and multimodal machine learning to characterize the complex cellular relationships of 43 cell phenotypes in the tumor microenvironment in a real-world retrospective cohort of 1168 non-small cell lung cancer patients from two large German cancer centers. The model identifies cell niches associated with survival and achieves a 14% and 47% improvement in risk stratification in the two main non-small cell lung cancer subtypes, lung adenocarcinoma and squamous cell carcinoma, respectively, combining niche patterns with conventional cancer staging. Our results show that complex immune cell niche patterns identify potentially undertreated high-risk patients qualifying for adjuvant therapy. Our approach highlights the potential of artificial intelligence powered multiplex imaging analyses to better understand the contribution of the tumor microenvironment to cancer progression and to improve risk stratification and treatment selection in non-small cell lung cancer.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,059
Score d'incertitude au seuil0,992

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,274
Écart entre enseignants0,266 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations9
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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