Emerging respiratory infections - Host-pathogen interactions of Streptococcus pyogenes and SARS-CoV-2
Notice bibliographique
Résumé
This thesis investigates the interaction between pathogens and the human host to improve understanding of airway infections at individual level (disease severity) and population level (epidemics). The COVID-19 pandemic vividly demonstrated how rapid spread of a novel pathogen can disrupt social, economic and health systems. Measures implemented to control SARS-CoV-2 also impacted other infectious diseases. After lifting these measures, an increase in severe group A streptococcal infections was observed in 2022. Re-instalment of national Streptococcus pyogenes surveillance, which included genetic analysis of the bacterium, enabled the detection of emerging variants driving the surge in the Netherlands. Laboratory models that mimic human infection can be used to study the characteristics of novel variants. We demonstrate that airway epithelial cultures derived from stem cells (mini-airways) can be infected with S. pyogenes and used to study the host immune responses. The second part of this thesis focuses on the immune responses to SARS-CoV-2. Absence of a virus-specific T-cell response is predictive of severe disease, underscoring the crucial role of adaptive immunity in controlling SARS-CoV-2 infection. Adaptive immunity can also be induced by vaccination. Vaccine breakthrough infections emerged shortly after the introduction of COVID-19 vaccines. We show that these breakthrough infections could not be attributed to absence of an immune response after vaccination (vaccine failure) or viral mutations (vaccine escape). Our research contributes to better understanding of infectious diseases and development of public health measures, vaccines, and treatments to combat future epidemics.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».