A Novel Ultrahigh-Resolution Y-Injection Multireflecting Time-of-Flight Mass Spectrometer for Bottom-Up Proteomics
Notice bibliographique
Résumé
The first results of using a new type of ultrahigh-resolution mass analyzer based on a planar multipass time-of-flight mass spectrometer with periodic reflecting lenses (Y-MRT MS) for bottom-up whole-proteome analysis are presented. The instrument achieves a resolving power in a range of 600,000–800,000 for peptide ions across the whole m / z range, with a high repetition rate of 300 Hz (averaged to 0.5–4 Hz for enhanced dynamic range). In preliminary experiments for human cell lines, MCF-7 and HeLa, single-shot 30 min gradient HPLC separations of 1 μg proteolytic digests yielded, on average, over 4000 protein groups in MS/MS-free proteome analyses using the DirectMS1 method. Combining three technical runs increased these numbers to 4500 protein groups at 1% FDR. Peptide ion mass measurements demonstrated an accuracy of 70–130 ppb across the whole m / z range, with a dynamic range exceeding 10 4 . In DIA mode (SWATH-DIA, 20 Th window, 30 min gradient), 4350 protein IDs were obtained at 1% FDR on average in single-shot LC-MS/MS runs. These results highlight the Y-MRT mass analyzer's potential for bottom-up proteomics. Further improvements in proteome coverage and analysis time are anticipated with optimized HPLC configurations and the integration of gas-phase ion mobility separation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».