Original Research: Biomarker Testing in a Canadian Centre for Patients with Non‑small Cell Lung Cancer: Assessing Residual Risks
Notice bibliographique
Résumé
Biomarker testing is critical for guiding treatment decisions and clinical management in patients with non-small cell lung cancer (NSCLC). Although the clinical utility of comprehensive testing for point mutations and gene rearrangements is well established, access to next-generation sequencing (NGS)‑based assays in Ontario has historically been limited due to provincial funding constraints. We conducted a retrospective chart review of 215 patients diagnosed with lung adenocarcinoma over a five-year period (2016-2021) and report the observed biomarker testing practice. Testing primarily comprised polymerase chain reaction (PCR)-based detection of common epidermal growth factor receptor (EGFR) mutations and immunohistochemistry (IHC) for anaplastic lymphoma kinase (ALK) overexpression, with or without confirmatory fluorescence in situ hybridization (FISH), and programmed death-ligand 1 (PD-L1) IHC. IHC for ROS1 overexpression, as a surrogate for ROS1 fusion, was observed in the first quarter of 2020. Routine panel-based NGS testing was implemented in the first quarter of 2021. Noting the differences between PCR- and NGS-based EGFR assessment, risks of “false negative” were estimated based on Bayesian analyses. Given the limited scope of PCR tests in terms of variants detected, the post-test, residual risk of “false negative” EGFR was estimated to range ~1:90 in white, Caucasian patients, to ~1:9 in Asian patients. We observed consistent implementation of EGFR, ALK, and PD-L1 testing during the study period, which was in alignment with 2017 National Comprehensive Cancer Network (NCCN) guideline recommendations. However, the delayed adoption of ROS1 testing and NGS-based profiling, including assays for MET and RET alterations, reflects broader limitations in provincial funding policy and highlights the need for equitable access to comprehensive biomarker testing in Ontario.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,013 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».