Relaxation of selective constraint on the sweet-taste receptor gene TAS1R2 in lorisiform primates
Notice bibliographique
Résumé
Recent research has revealed considerable evolutionary diversity in umami-taste (amino acids and nucleotides) and sweet-taste receptor TAS1R genes across vertebrate species. To contribute to a growing understanding of how diet shapes taste evolution, we studied TAS1R genes in non-anthropoid primates with highly diverse diets, including members of the Strepsirrhini, comprised of Lorisiformes (lorises) and Lemuriformes (lemurs), as well as members of the Tarsiiformes (tarsiers). We employed a targeted capture (TC) approach specifically probing all the three mammalian TAS1R genes, i.e., TAS1R1 (for sensing umami), TAS1R2 (sweet) and TAS1R3 (required for forming a heterodimer), followed by short-read massive-parallel sequencing for three lorisiform, four lemuriform, and one tarsiiform species. Analyzing together with publicly available whole-genome assemblies (WGAs) of non-anthropoids, we found that TAS1R1 and TAS1R2 of some lorisiform species were disrupted. The relative evolutionary rates in introns and synonymous sites of all the three TAS1R genes, as well as non-genic genome regions, of lorisiforms were higher than those of lemuriforms, a finding consistent with the higher genome-wide mutation rate of the lorisiforms. We found a similar pattern in the amino acid sequences and nonsynonymous sites of the sweet receptor TAS1R2 in lorisiforms. Evolutionary rates of amino acid sequences and nonsynonymous sites in TAS1R1 and TAS1R3 of lorisiforms were as slow as those of lemuriforms. This suggests that functional constraint on sweet sensing has been relaxed in lorisiform primates since their common ancestor. These results shed a new light on understanding evolutionary diversification of umami and sweet sensing in a diverse group of mammals.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».