An Elevated Birth Prevalence of Fraser Syndrome in Quebec Linked To A Founder Pathogenic Variant
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Purpose Fraser syndrome (FS) is an autosomal recessive disorder, characterized by cryptophthalmos, syndactyly, and anomalies of the respiratory and urogenital tracts. Here we estimate the birth prevalence of FS in the French-Canadian founder population of Quebec, where no prevalence has been reported to date. We also describe the phenotype of probands with FS. Methods Pathogenic allele frequency was estimated in the Quebec IBD cohort and the population-based cohort CARTaGENE (CaG), from exome sequencing ( n =2,323), short-read genome sequencing ( n =2,173) and genotyping array data ( n =29,330). Phenotypic data was collected for FS probands at CHU Ste-Justine (between 2013 and 2023). Results FRAS1 p.(Arg124Ter) was the most frequent pathogenic variant in the Quebec IBD and CaG cohorts, with frequencies 17-fold and 21-fold higher than Non-Finnish Europeans. Four French-Canadian probands were diagnosed with FS at CHU Ste-Justine, three of whom were homozygous for the variant. Birth prevalence was 0.23 per 100,000 births when predicted from the Quebec IBD cohort, 0.98 from CaG, and 1.34 from reported cases. Conclusion FS shows an elevated birth prevalence in the French-Canadian population of Quebec. We propose FRAS1 p.(Arg124Ter) as a candidate founder pathogenic variant, informing clinical practices in this population.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».