Multi-omic characterization of the sow colostrum and milk microbiome and proteome
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Sow colostrum and milk provide essential nutrients, immune protection, and one of the earliest microbial exposures for piglets. However, the microbial composition, functional potential, and host interactions of these mammary secretions remain poorly characterized. Here, we combined culturomics, metagenomics, and proteomics to comprehensively characterize the microbiome and proteome of sow colostrum and milk collected at farrowing and at 7 and 21 days postpartum. We recovered 132 bacterial isolates representing at least 42 species, including 15 putative novel taxa. These isolates included both potentially pathogenic species such as Sarcina perfringens and Streptococcus suis and potentially beneficial bacterial species like Lactobacillus amylovorus and Lactiplantibacillus plantarum . The microbial composition and functional potential shifted significantly as the milk matured, with L. amylovorus , Limosilactobacillus reuteri , and Rothia spp. among the most relatively abundant taxa. Several antimicrobial resistance genes, including erm (C), tet(K) , tet (M), lnu(A) , poxtA , and fexB , were identified on contigs encoding plasmid replicons in the isolates, indicating potential for horizontal gene transfer. Functional annotation of isolate genomes indicated broad carbohydrate-active enzyme (CAZyme) repertoires, including those conferring β-galactosidase activity and the capacity to metabolize milk oligosaccharides. The colostrum and milk proteome also shifted during lactation, reflecting declining immune-related proteins and increasing metabolic and structural proteins. Correlations between specific microbial taxa and host proteins, including Rothia spp. and immune proteins or glycoproteins, suggested potential host–microbe interactions during lactation. Together, these findings provide a multi-omic perspective on how mammary microbiome dynamics and host responses during lactation may influence neonatal microbial colonization and health.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».