Genomic resources of <i>Ascidiella aspersa</i> and comparative analysis across tunicates reveal class-level features and evolutionary diversification
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Ascidiella aspersa is an invasive tunicate and one of the closest relatives of vertebrates. Despite its ecological nuisance, A. aspersa is anticipated to be a valuable model organism for developmental studies due to its remarkably transparent embryos. However, annotated genome assemblies and transcriptomic resources have not yet been fully established. Although several tunicate genomes have been sequenced, most lack annotations, and a comprehensive analysis across tunicates has not yet been conducted. Results We performed de novo genome assembly and transcriptome analysis of A. aspersa, producing a high-quality 306.5 Mb genome assembly. The transcriptome was derived from nine different organs of adults and embryos at six developmental stages. Ab initio and homology-based gene predictions identified 24,504 genes with a BUSCO score of 92.2%. Functional annotation was added for 18,636 genes in the model. To understand the relative features of this species among tunicates, we conducted genome-wide comparative analysis using publicly available data from 35 other tunicate genomes across three classes, five orders, and 12 families, thus constructing gene models for 27 species with BUSCO scores >80%. Overall, phylogenetic analysis revealed a new hypothesis regarding the relationships among Phlebobranchia and Aplousobranchia families. Gene duplication analysis showed distinct contractions of gene families in some taxa with losses of specific DNA repair related genes that were shared among Thaliacea—these may have contributed to their evolutionary diversification. Tunicate genomes exhibited a high level of variation in genomic GC content (28.0%–42.7%). A. aspersa has the highest GC content in coding regions and the third position of codons among tunicate species, with changes in codon usage bias differing from other Ascidiidae species. We also constructed an online comparative tunicate genome database (TUNOME), that provides functional annotations of gene models and ortholog analyses based on these genomic and transcriptomic data. Conclusions We constructed genomic resources for A. aspersa and another 35 tunicate gene models. Comparative analysis reveals a variety in tunicate species genomes and characterizes class-level features. Our resources are expected to be a foundation for experimental studies involving non-model tunicates and for comparative analysis among tunicate species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».