Identification of single nucleotide polymorphisms associated with serum acute phase proteins during the transition period in dairy cows
Notice bibliographique
Résumé
The transition period is one of the most challenging phases for dairy cows. High incidences of metabolic and inflammatory disorders occur during this period due to negative energy balance and reduced immune functions. Acute phase proteins (APP), such as haptoglobin (Hp), serum amyloid A (SAA), and C-reactive protein (CRP), are important components of the innate immune response and serve as sensitive biomarkers of systemic inflammation. The current study aims to estimate heritability and identify candidate genes associated with serum levels of APP. Serum samples were collected from 700 Holstein cows during the transition period (2 wk prepartum and 2 wk postpartum). Heritability of serum APP ranged from 0.07 ± 0.07 to 0.44 ± 0.08 prepartum and 0.02 ± 0.06 to 0.30 ± 0.09 postpartum. C-reactive protein was the most heritable in both prepartum (0.44 ± 0.08) and postpartum (0.30 ± 0.09) periods. Low heritability was observed for haptoglobin at both time periods. Serum amyloid A was moderately heritable in both periods (prepartum 0.26 ± 0.08 and postpartum 0.15 ± 0.07). A GWAS was used to identify genetic variants significantly associated with serum levels of SAA, CRP, and Hp. For SAA, multiple candidate genes (72 pre- and 92 postpartum) and previously identified QTL (128 pre- and 143 postpartum) were mapped on BTA 29 within 100 kb up- and downstream of significant SNPs. For CRP, 6 significant SNPs and 16 candidate genes were identified on BTA 3, 11, and 15 at prepartum. However, no significant SNP was detected at postpartum. For Hp, 2 significant SNPs and 1 candidate gene were associated with prepartum Hp, whereas 1 significant SNP and 2 candidate genes were identified for Hp at postpartum. This study provides insight into the heritability of APP and molecular mechanisms of serum APP response, and the results could potentially be used to improve dairy cattle health through genetic selection and breeding.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».