The ORB2 RNA-binding protein negatively regulates its target transcripts during the Drosophila maternal-to-zygotic transition via its functionally conserved Zinc-binding “ZZ” domain
Notice bibliographique
Résumé
Posttranscriptional regulation is particularly prominent during the maternal-to-zygotic transition (MZT), a developmental phase during which a large proportion of maternally provided mRNAs is repressed and cleared from metazoan embryos. RNA-binding proteins (RBPs) are key components of the posttranscriptional regulatory machinery. We show that the ORB2 RBP, the Drosophila ortholog of the human cytoplasmic polyadenylation element binding protein (hCPEB) 2-4 protein subfamily, binds to hundreds of maternally provided, rare-codon-enriched mRNAs in early embryos and that ORB2 targets are translationally repressed and unstable during the MZT. We identify a U-rich motif enriched in ORB2 targets' 3'UTRs and show that this motif confers ORB2 binding and repression to a luciferase reporter mRNA in S2 tissue culture cells. When tethered to a luciferase reporter, ORB2 and hCPEB2 (but not ORB and hCPEB1) repress translation and the C-terminal Zinc-binding ("ZZ") domain of ORB2 is necessary and sufficient for repression. ORB2 interacts with a suite of posttranscriptional regulators in early embryos; a subset of these interactions is lost upon deletion of the ZZ domain, notably with the Cup repressive complex. ORB2 targets significantly overlap with those previously identified for the repressive RBP, Smaug (SMG). Analysis of the early embryo's translatome in the presence or absence of the endogenous ZZ domain shows that mRNAs bound by ORB2 but not by SMG move onto polysomes upon ZZ domain deletion, whereas cobound transcripts do not, consistent with coregulation of the latter set of transcripts by both RBPs. Our results assign a function to the ZZ domain and position ORB2 in the posttranscriptional network that regulates maternal transcripts during the Drosophila MZT.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».