Comparative Whole-Exome Sequencing in Patients with Loin Pain Hematuria Syndrome and Isolated Hematuria
Notice bibliographique
Résumé
Background: Loin pain hematuria syndrome (LPHS) is an ultrarare disease characterized by unexplained chronic loin pain and hematuria, with no identifiable urological causes. Objectives: To investigate the genetic factors contributing to hematuria and pain in patients with LPHS and isolated hematuria (IH) using whole exome sequencing (WES). Methods: In this single-center study, 17 consecutive patients with LPHS and 10 with IH underwent WES from Jan 2022-Jan2023. Bioinformatically created hematuria (n=130) and pain (n=577) gene panels were evaluated. Variant annotation, interpretation, and prioritization were performed using the Franklin platform. Results: A total of 44 variants were identified in 35 hematuria genes.17 and 27 variants were found in 8 IH patients and 16 LPHS patients. In 3 LPHS patients, we detected 3 pathogenic/likely pathogenic (P/LP) missense variants in COL4A4 (c.G3044A:p.Gly1015Glu), ABCA1 (c.2861C>T: p.Ser954Leu)exacerbating glomerular endothelial cell injury by promoting cholesterol accumulation and CXCR4 (c.373C>G: p.Leu125Val) inducing podocyte injury. In another 2 IH patients, we found a missense variant in COL4A5 (c.T4561A:p.Cys1521Ser)and a frameshift deletion in COL4A3 (c.4329_4330del:p.Gly1445Lfs*64). A total of 34 variants of uncertain significance (VUS), including genes affecting podocytes (FAT1, ITGB3, ITGB4, COQ2, APOA1, and GAPVD1), GBM (GPC5, COL4A5), and endothelial cells (CFH, PLG) were also identified. A total of 18 rare variants were found in 17 pain genes unique to LPHS. None of these pain variants were P/LP. Conclusion: The etiology of hematuria in LPHS displays both genic and allelic heterogeneity. As expected, variants in Type IV Collagen genes (COL4A3-5) were pathogenic, caused hematuria, and were identified in IH and LPHS patients. Many VUS were identified in patients with isolated hematuria and LPHS. To our knowledge, this is the first WES report on LPHS patients globally.Pathogenic or likely pathogenic variants in hematuria genes identified in this study
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».