PTHP-15. Enhancing Medulloblastoma Classification: Integrating IHC and DNA Methylation Data from the SJMB12 Clinical Trial
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The SJMB12 trial used immunohistochemistry (IHC)-based molecular grouping to separate medulloblastoma (MB) into WNT, SHH, and non-WNT/non-SHH (NWNS) groups for risk and treatment stratification. IHC was selected due to its rapid turnaround, cost-effectiveness, and low-tech nature, which allowed its immediate implementation in a prospective clinical trial. Nevertheless, the accuracy and reproducibility of IHC on a prospective cohort were unknown. Here, we compared IHC-based MB molecular group assignment to DNA methylation profiling for 634 evaluable patients from the SJMB12 trial. Robust concordance was observed. All 88 IHC-defined WNT MBs were classified as WNT by methylation. Of 107 IHC-defined SHH MBs, 106 were identified as SHH. Furthermore, 390 (98%) of 398 IHC-defined NWNS cases were identified as Group 3 or Group 4 MBs. Discordant cases were minimal: one IHC-defined SHH tumor was reclassified as glioblastoma by methylation, and 8 IHC-defined NWNS cases were reclassified (SHH (n=4), Pineoblastoma (n=2), WNT (n=1), or unclassified (n=1)). The performance metrics for IHC across MB groups were robust. For WNT, sensitivity was 93.6%, specificity 100%, PPV 100%, and NPV 98.9%. For SHH, sensitivity was 89.1%, specificity 99.8%, PPV 99.1%, and NPV 97.5%. For NWNS (proxy for Group 3/4), sensitivity was 94.9%, specificity 96.4%, PPV 98.0%, and NPV 91.1%. Notably, 41 (6%) tumors could not be grouped by IHC and were placed into an “indeterminate” category. These were assigned by methylation profiling to WNT (n=5), SHH (n=9), Group 3 (n=20), Group 4 (n=1), medullomyoblastoma (n=5), and GBM (n=1). Intriguingly, these cases were not random; they were enriched in MBs belonging to Group 3 subgroup 2, displaying myogenic and/or melanotic differentiation, and TP53-mutated SHH tumors. In conclusion, these findings demonstrate that IHC is a valuable tool for molecular grouping in medulloblastoma. Despite some limitations, it provides accurate results and, even when indeterminate, can reveal intriguing disease characteristics.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».