RNA Binding by the Yeast Slf1 and Sro9 La-motif Domains
Notice bibliographique
Résumé
Slf1 and Sro9 are paralogous RNA-binding proteins in Saccharomyces cerevisiae that belong to the LARP1 (La-related protein 1) subgroup of the greater La family. These proteins function as translational regulators during cellular stress, acting through either direct mRNA binding or interactions with ribosomal factors. In this study, we characterized the structural and RNA-binding properties of the La-motif (LaM) domains of Slf1 and Sro9 using a combination of nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy, calorimetry, and molecular dynamics (MD) simulations. Both LaM domains exhibited micromolar affinity for RNA ligands, including poly(A). Notably, the Sro9 LaM domain displayed a thermal denaturation midpoint of 36 °C suggesting a potential regulatory mechanism for this protein during hyperthermic stress. An NMR analysis of the Slf1 LaM domain revealed that its RNA binding platform undergoes widespread conformational sampling on the micro- to millisecond timescale, even in the presence of RNA. Molecular dynamics simulations corroborated these experimental NMR observations and highlighted the role of transient aromatic stacking during RNA binding. Furthermore, a glutamine substitution mutant (Q278A in Slf1) known to impair RNA binding also destabilized the protein-RNA interaction in molecular simulations. Collectively, our findings confirm that RNA binding by LaM domains is an evolutionarily conserved feature among eukaryotes and provide critical insights into the structural and dynamic mechanisms underlying Slf1 and Sro9 function in yeast.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».