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Enregistrement W4416092356 · doi:10.1038/s41467-025-64838-5

Pathogenic variants in SMARCA1 cause an X-linked neurodevelopmental disorder modulated by NURF complex composition

2025· article· en· W4416092356 sur OpenAlexafffund
Ghayda Mirzaa, Keqin Yan, Raissa Relator, Mathieu Lévesque, P.S. Jayasinghe, Sara Timpano, Binnaz Yalcin, Stephan C. Collins, Alban Ziegler, Emily Pao, Nora Oyama, Elise Brischoux‐Boucher, Juliette Piard, Kristin G. Monaghan, María J. Guillen Sacoto, William B. Dobyns, Kristen Park, Daniel Martı́n Fernández-Mayoralas, Alberto Fernández‐Jaén, Parul Jayakar, María Palomares‐Bralo, Fernando Santos‐Simarro, Alfredo Brusco, Vincenzo Antona, Elisa Giorgio, Malin Kvarnung, Bertrand Isidor, Solène Conrad, Benjamin Cogné, Wallid Deb, Kyra E. Stuurman, Katalin Štěrbová, Noor Smal, Sarah Weckhuysen, Renske Oegema, A. Micheil Innes, Daniel C. Koboldt, Tawfeg Ben‐Omran, Rebecca C. Yeh, Michael C. Kruer, Somayeh Bakhtiari, Antigone Papavasiliou, Sébastien Moutton, Sophie Nambot, Sirisak Chanprasert, Sarah A Paolucci, K. Miller, Barbara K. Burton, Katherine Kim, Emily O’Heir, Zandrè Bruwer, Kirsten A. Donald, Tjitske Kleefstra, Amy Goldstein, Brad Angle, Kelly Bontempo, Peter Miny, Pascal Joset, Florence Démurger, Emma Hobson, Lewis Pang, Lori Carpenter, Dong Li, Dominique Bonneau, Bekim Sadiković, David J. Picketts

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueChromatin Remodeling and Cancer
Établissements canadiensWestern UniversityAlberta Children's HospitalUniversity of CalgaryUniversity of OttawaLondon Health Sciences CentreOttawa Hospital
Organismes subventionnairesNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Human Genome Research InstituteNational Institute of Mental HealthCanadian Institutes of Health ResearchVlaamse regeringGenome AlbertaMinistero dell’Istruzione, dell’Università e della RicercaAlberta Children's Hospital FoundationFonds National de la Recherche LuxembourgSeattle Children's Research InstituteOntario Genomics InstituteGenome British ColumbiaStanley Center for Psychiatric Research, Broad InstituteSimons Foundation Autism Research InitiativeBroad InstituteGovernment of CanadaChildren's Hospital FoundationQatar National Research FundUniversity of OttawaChildren’s Hospital of Wisconsin Research InstituteNational Institutes of HealthOntario GenomicsGenome Canada
Mots-clésHaploinsufficiencyPenetranceChromatin remodelingChromatinEpigeneticsNeurodevelopmental disorderDNA methylationWilliams syndrome

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Pathogenic variants in ATP-dependent chromatin remodeling proteins are a recurrent cause of neurodevelopmental disorders (NDDs). The NURF complex consists of BPTF and either the SMARCA5 or SMARCA1 ISWI-chromatin remodeling enzyme. Pathogenic variants in BPTF and SMARCA5 have been previously implicated in NDDs. Here, we describe 35 individuals from 26 families with de novo or maternally inherited variants in the X-linked SMARCA1 gene. This SMARCA1-related NDD is associated with a spectrum of involvement, including mild to severe ID/DD, delayed or regressive speech development, ASD features, facial dysmorphisms, and other variable features. Individuals carrying SMARCA1 truncating variants exhibit a mildly unique genome-wide DNA methylation profile and a high penetrance of macrocephaly. Genetic dissection of the NURF complex using Smarca1, Smarca5, and Bptf single and double mouse knockouts reveals the importance of NURF composition and dosage for proper forebrain development. We propose that genetic alterations affecting different NURF components, including SMARCA1, result in a NDD with a broad clinical spectrum.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,971
Score d'incertitude au seuil0,539

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,308
Écart entre enseignants0,293 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2025
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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