S107 Can plasma Cell-free DNA methylation predict response to mepolizumab in asthmatic individuals?
Notice bibliographique
Résumé
Rationale Monoclonal antibody therapies are used to treat severe asthma. Mepolizumab was the first anti-cytokine therapy introduced, and it targets IL-5. It effectively reduces steroid use and exacerbations in some severe asthma patients but approximately one third of treated patients do not havea clinically significant reduction inexacerbations and oral steroid use at 12 months post-treatment. An early biomarker that was predictive of clinical response at one year would reduce patient burden, improve management and have associated cost saving.Cell free DNA (cfDNA) are DNA fragments released into bodily fluids carrying cell/tissue-specific epigenetic patterns called DNA methylation (DNAm) that reflect their origin. cfDNAm offers tissue specific specificity to systemic samples. We have shown DNAm changes in the nasal epithelium after Mepolizumab treatment [PMID: 38386780] and distinct plasma cfDNAm profiles between asthmatic and non-asthmatic individuals. Objective To identify cfDNAm signatures that differ between Mepolizumab responders (R) and non-responders (NR) pre-treatment and after 3 months of treatment. Methods cfDNA was extracted (Maxwell® RSC ccfDNA Plasma Kit) from 1 ml blood plasma of 14 asthmatic individuals (9 R; 5 NR identified at 12 months) at baseline and 3 months of Mepolizumab treatment [part of Investigating Poor Response to Monoclonal therapy in Asthma study]. DNAm was profiled using the Illumina EPIC Array. Linear regression assessed differential cfDNAm between R and NR. Results A single DNAm locus was identified with a significant (Benjamini-Hochberg p<0.05) decrease (~8%) in methylation between baseline and 3 months among Mepolizumab responders, while non-responders exhibited an increase (~4%). A 213bp region around this locus with 4 adjacent loci was identified to be evaluated as potential early response biomarker. Linear regression analysis within each time point identified DNAm changes (pre-treatment = 1838; 3 months post treatment =1283, nominal p<0.001) between R and NR. The two most significant and consistent loci have been selected to evaluate as potential biomarkers. Conclusion Plasma cfDNAm signatures have been identified for further investigation as early predictors of patient response to Mepolizumab. Evaluation of their potential as biomarkers using pyrosequencing in a blinded blood plasma sample cohort of Mepolizumab treated severe asthmatic individuals is ongoing.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».