A novel second-generation HIV-1 circulating recombinant form (CRF183_0107) identified among men who have sex with men in China
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: This study aimed to report a novel HIV-1 circulating recombinant form (CRF) identified among men who have sex with men (MSM) in China. DESIGN: Viral sequences were isolated from MSM patients, and the recombination and evolutionary histories of this CRF were elucidated through phylogenetic and Bayesian analyses. METHODS: Near full-length genomes (NFLGs) and partial genome sequences were amplified from RNA extracted from plasma samples of three HIV-1 seropositive MSM in Heilongjiang Province, China. Phylogenetic analysis was conducted using FastTree v2.1.9, and recombination analysis was performed using Simplot v3.5.1. The emergence time of the novel CRF was estimated by Bayesian evolutionary analysis using BEAST v1.10.4. RESULTS: Two NFLGs and two partial genome segments were successfully obtained from three MSM participants. This novel CRF was characterized by 12 mosaic gene segments, comprising 6 segments from the CRF01_AE cluster 4 and 6 segments from the CRF07_BC cluster N, and thus was designated as CRF183_0107. The estimated time of origin for the CRF01_AE and CRF07_BC components within CRF183_0107 were approximately 2009.2 and 2012.5, respectively. CONCLUSION: A novel second-generation HIV-1 recombinant, named CRF183_0107, was identified within the MSM population in China. This CRF exemplified the recombination events occurring between the CRF01_AE cluster 4 and the CRF07_BC cluster N during 2009-2012.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».