CryoEM and computational modeling structural insights into the pH regulator NBCn1
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Breast cancer cells survive despite being exposed to a toxic acidic extracellular environment, by utilizing the NBCn1 transporter. The molecular basis for this phenomenon is unknown, given the lack of an NBCn1 atomic structural model. We therefore determined the 3.3 Å cryoEM structure of the human NBCn1 outward facing (OF) conformational state with densities corresponding to the transported ions in the ion coordination site. We further generated NBCn1 inward facing (IF) and intermediate (occluded) structures and characterized the transport cycle and the ion dynamics in the IF and OF states. The results showed that NBCn1 utilizes an elevator-type transport mechanism with a small vertical shift of the ion coordination site between OF and IF conformational states and that the transported ions permeate without significant energy barriers. Functional experiments showed that NBCn1 has an extremely high ion turnover rate (TOR) of ~15,000 s −1 . The unusually high NBCn1 TOR value associated with the small protein structural changes during the OF to IF transitions and the favorable ion permeation energetics provides breast cancer cells with a highly efficient base loading mechanism contributing to their survival advantage.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».