Assessing the Genomic Landscape of <i>Salmonella enterica</i> Isolated From Cattle Faeces on a Nigerian Farm
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Antibiotic resistance is a global menace, particularly in low- and middle-income countries where antimicrobial resistance (AMR) in zoonotic pathogens like Salmonella is on the rise. This study investigates the phenotypic and genotypic AMR in Salmonella enterica. isolated from cattle faeces collected by faecal grab method on a Nigerian dairy farm. Salmonella enterica was cultured from the faecal samples of 138 individual cattle at the University of Ibadan dairy farm, with identification done through MALDI-TOF-MS, genus-specific PCR, and Microbact 24E. The minimum inhibitory concentration (MIC) of selected antibiotics was determined by Vitek 2 compact system. Whole genome sequencing was conducted on eighteen isolates that met pre-sequencing quality standards, utilizing the Illumina HiSeq platform. Sequence types and AMR genes were determined using publicly available tools. Interestingly, all isolates showed 100% phenotypic susceptibility to the tested antibiotics. Notably, several rare Salmonella enterica serovars were identified among the sequenced strains; Koketime (n = 2), Hadar (n = 3), Banalia|Tounouma (n = 10), Hermannswerder (n = 2), and Chomedey|Glostrup (n = 1). While most of the sequenced Salmonella enterica strains (15 out of 18) lacked AMR genes besides efflux transporter gene, a strain of Chomedey|Glostrup serovar exhibited genes associated with reduced susceptibility to aminoglycosides (aph(3')-lb, aph(6)-Id), quinolones (qnrB), sulphonamides (sul2), and tetracycline (tet(A)), while Koketime strains possessed fosfomycin resistance genes (fosA7) besides the efflux genes. The absence of phenotypic and genotypic AMR in most of the isolates highlights the possibility that AMR could be controlled in livestocks in developing countries.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle