PATH-25. Identifying the molecular signature of infiltrating edge cells in glioblastoma as drivers of tumour invasion and recurrence
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Glioblastoma is the most common malignant brain tumour in adults. Despite extensive research, there haven’t been remarkable gains in resolving the seeds of glioblastoma recurrence, and the outcomes for many patients suffering from this devastating disease remain poor. Our knowledge on GBM heterogeneity is mostly restricted to the surgically resectable tumour core, while the functional characterization of tumour cells at the infiltrating edge remains largely elusive due to the presence of normal functional brain tissue in the peritumoural lesion. Edge-derived cells exhibit larger capacity for infiltrative expansion and are the main drivers of treatment failure and tumour recurrence, making them action targets for novel treatment approaches. To resolve the transcriptional heterogeneity of GBM within the spatial context, we profiled gene expression of tumour regions selected based on histological features (“core” and “infiltrating edge”) obtained from 4 primary and 2 matched pairs of primary/recurrent IDH-WT GBM patients with Visium HD. Using pathologically annotated H&E images integrated with spatial gene expression, we resolved patterns related to tissue structure and architecture in each sample to capture continuous patterns of gene expression variation. We used NicheCompass to deepen our understanding of tissue hierarchies, and spatially localized cellular processes in infiltrative GBM. We identified top spatially variable genes and active gene programs in this cell population using unsupervised cell phenotyping and examined their combined activity. Identified modules represent tumour cell hijacking of neuronal programs as described in the context of glioma-neuron synaptic communication and formation of neurite-like tumour microtubes and is consistent with OPC-like & NPC-like cell state enrichment at the tumour periphery. Identifying biomarkers that are specific to malignant edge-derived cells may serve as new diagnostic feature that would help assess treatment response before or within early phases of therapy and allow for individual tailoring of the treatment plan to slow disease progression.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».