RNA-SeqEZPZ: a point-and-click pipeline for comprehensive transcriptomics analysis with interactive visualizations
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: RNA sequencing (RNA-seq) analysis has become a routine task in numerous genomic research labs, driven by the reduced cost of bulk RNA sequencing experiments. These studies generate billions of reads that require easy-to-run, comprehensive, and reproducible analysis. However, many labs rely on in-house scripts, which can be challenging for bench scientists to use and hinder standardization and reproducibility. While existing RNA-seq pipelines attempt to address these challenges, they often lack a complete end-to-end user interface. FINDINGS: To bridge this gap, we developed RNA-SeqEZPZ, an automated pipeline with a user-friendly point-and-click interface, enabling rigorous and reproducible RNA-seq analysis without requiring programming or bioinformatics expertise. For advanced users, the pipeline can also be executed from the command line, allowing customization of steps to suit specific applications. The innovation of this pipeline lies in the combination of 3 key features: (i) all software is packaged within a Singularity container, eliminating installation issues; (ii) it offers a graphical, point-and-click interface from raw FASTQ files through differential expression and pathway analysis; and (iii) it includes a Nextflow implementation, enabling scalability and portability for seamless execution across various platforms, including job submission in the cloud and cluster computing. Additionally, RNA-SeqEZPZ generates a comprehensive statistical report and offers an option for batch adjustment to minimize effects of noise due to technical variation across replicates. Reports can also be reviewed by a bioinformatician to ensure the overall quality of the analysis. CONCLUSIONS: RNA-SeqEZPZ is a robust, accessible, and scalable solution for comprehensive RNA-seq analysis, enabling researchers to focus on biological insights rather than computational challenges.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,051 | 0,025 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».