Global mapping of RNA N6-methyladenosine (m6A) in human subcutaneous and visceral adipose tissue reveals novel targets that correlate with clinical variables of obesity
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Obesity is a major health challenge and fat accumulation in visceral depots is more strongly associated with metabolic comorbidities than deposition in subcutaneous depots. Epitranscriptomic regulation of gene expression by N 6 -methyladenosine (m 6 A) influences various aspects of RNA metabolism, however the m 6 A methylome in human adipose tissue and its relationship with fat distribution has not yet been investigated in detail. Methods In this study, we performed epitranscriptomic mapping of m 6 A in intra-individually paired samples of subcutaneous (SAT) and omental visceral adipose tissue (OVAT) from women with normal weight (BMI ≤25, n = 3) and obesity (BMI ≥35, n = 10) using meRIP-seq (discovery cohort). We further investigated differential m 6 A methylation for specific target genes in a larger cohort of individuals with obesity ( n = 72, validation cohort) using meRIP-qPCR. meRIP-seq was performed for primary adipocytes from a subset of the patients ( n = 4) to account for cell type specific differences. Results We here provide the first global map of m 6 A in human adipose tissue in paired samples of SAT and OVAT. We show an overall high overlap in m 6 A sites between individuals and depots, but also distinct depot-specific differences. We identify 339 target genes showing depot-specific m 6 A methylation. Depot-specific methylation was validated for selected sites in SEMA3A , SNAP47 and PPP1R9A in a larger validation cohort. We additionally identify differentially methylated targets between lean individuals and individuals with obesity, including TSC22D1 , FMNL2 and IL1R1 . By combining data from primary adipocytes with data from corresponding bulk adipose tissue, we identified a higher number of genes containing m 6 A in non-adipocyte cells in OVAT compared to SAT. Mechanistically, we show for selected targets that m 6 A affects RNA lifetime in pre-adipocyte cell culture models. Importantly, m 6 A methylation in selected targets correlates with clinically important variables related to obesity, fat distribution and glucose metabolism. Conclusions We identify a catalogue of novel targets showing adipose tissue depot specific m 6 A methylation, with potential as biomarkers in metabolic disease. Our findings underscore the regulatory role of m 6 A in obesity and provide valuable insights for future research. The datasets generated represent a significant resource for further insight in adipose tissue biology and its implications for metabolic health.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».