Genomic data reveal a lack of range-wide genetic structure for a broadly distributed ommastrephid, Northern shortfin squid ( <i>Illex illecebrosus</i> ), in the Northwest Atlantic Ocean
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The resolution of population structure is central to accurate stock assessments and sustainable management of exploited marine species, especially with regards to the persistence of intraspecific diversity and species stability. Northern shortfin squid (Illex illecebrosus) has a subannual lifespan and a broad latitudinal distribution in the Northwest Atlantic Ocean facilitated by wide Gulf Stream dispersal of its early-life stages combined with long-distance adult migrations. As a result, this transboundary resource supports multiple fisheries managed by different entities. However, little is known regarding connectivity and genetic structure. Here, we provide the first genomic evaluation of intraspecific diversity in this species using whole genome sequencing to explore the geographic scale of differentiation and to reconstruct recent and historical trends in effective population size. Our genomic dataset encompassed 338 948 SNPs (9× coverage) for 540 specimens collected during 2022–2023 at >40 sites located throughout the species’ core geographic range from Newfoundland, Canada to Cape Hatteras, North Carolina, USA. Despite extensive genomic coverage, our results suggested a lack of significant genetic structure across this geographic range; a distance >2500 km. Biomass indices indicate periods of high and low productivity from 1967 to 2023. In contrast, our genomic-based reconstructed trends in effective population size-based on a linkage disequilibrium-based approach suggests general stability with a possible decline around 2018. Our results provide one of the most comprehensive genomic evaluations of intraspecific diversity in wide-ranging marine invertebrates to date, and the lack of genetic structuring across the species’ range confirms that the population should be managed as a single population. Our results also suggest that sequencing depth-based bias requires careful evaluation in future genomic analyses of intraspecific diversity in wide-ranging, weakly structured marine species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».