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Enregistrement W4416298751 · doi:10.1093/nar/gkaf1186

African Natural Products Database (ANPDB): A resource for exploring the therapeutic potential of natural compounds from Africa

2025· article· en· W4416298751 sur OpenAlexaff
Jude Y. Betow, Ammar Qaseem, Boris D. Bekono, Aurélien F. A. Moumbock, Conrad V. Simoben, Smith B. Babiaka, Solange Ayukncha Tanyi, Vanessa Asoh Shu, Ariane T Ndi, Pascal Amoa Onguéné, Clovis S Metuge, Siméon Akame, Donatus Bekindaka Eni, Cyril T. Namba-Nzanguim, Mathieu Jules Mbenga Tjegbe, Marianka N L Dikande, Patience T Akeh, Sounders Balgah, Cyprian D Meh, Akachukwu Ibezim, Idris F Tabi, Yvette I. Malange, Bakoh Ndingkokhar, Leonel E. Njume, Kiran K. Telukunta, Saïd Amrani, Oyere T. Ebob, Wolfgang Sippl, Stefan Günther, Fidele Ntie‐Kang

Notice bibliographique

RevueNucleic Acids Research · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineChemistry
ThématiqueMolecular spectroscopy and chirality
Établissements canadiensStructural Genomics ConsortiumUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesChina Scholarship CouncilDeutsche ForschungsgemeinschaftLifeArcAlbert-Ludwigs-Universität FreiburgAlexander von Humboldt-StiftungBill and Melinda Gates Foundation
Mots-clésMetadataAnnotationData curationNatural (archaeology)Resource (disambiguation)Chemical databaseDownloadSimilarity (geometry)Natural resource

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The African Natural Products Database (ANPDB) is a comprehensive repository currently encompassing over 11 000 natural compounds sourced from diverse species across the African continent. ANPDB integrates both experimental and predicted NMR and MS data to enhance compound annotation and facilitate dereplication, utilizing machine learning algorithms for spectral simulation and fragment prediction. The database offers a range of methods for compound structure search, including substructure matching, chemical similarity analysis, and property-based filtering, empowering users to efficiently explore chemical diversity. ANPDB also compiles detailed metadata on the traditional medicinal uses of source organisms, linking ethnobotanical knowledge with chemical and biological data. By consolidating information on biological sources, bioactivities, traditional applications, and bibliographic references (currently ranging from 1961 to 2024), ANPDB provides a robust platform for drug discovery, natural products research, and the exploration of Africa's unique chemical and medicinal biodiversity. The database is open access, and the entire dataset and metadata are available for download and for computer-aided drug design endeavours. Link to the website: https://african-compounds.org.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,103
Score d'incertitude au seuil0,636

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,061
Tête enseignante GPT0,336
Écart entre enseignants0,276 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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