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Enregistrement W4416300337 · doi:10.1101/2025.11.17.688825

Induced ubiquitination of the partially disordered Estrogen Receptor alpha protein via a 14-3-3-directed molecular glue-based PROTAC design

2025· preprint· W4416300337 sur OpenAlexfundno aff
Carlo J. A. Verhoef, Charlotte Crowe, Mark A. Nakasone, Aitana de la Cuadra Basté, Tessa Harzing, Naomi A. S. Span, Gajanan Sathe, Kentaro Iso, Christian Ottmann, Luc Brunsveld, Alessio Ciulli, Peter J. Cossar

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2025
Typepreprint
Langue
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueProtein Degradation and Inhibitors
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilMedical Research CouncilDirectorate for Biological SciencesUniversity of DundeeRoyal SocietyInnovative Medicines InitiativeUniversity of GlasgowEuropean CommissionEuropean Federation of Pharmaceutical Industries and AssociationsMcGill UniversityDiamond Light SourceWellcome TrustNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekTechnische Universiteit Eindhoven
Mots-clésUbiquitinLinkerUbiquitin ligaseMolecular dynamicsUbiquitin-Protein LigasesLigand (biochemistry)Allosteric regulationProtein–protein interaction

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Proteins lacking defined ligandable pockets remain challenging drug targets. Here, we develop a molecular glue-based PROTAC ( MG PROTACs) approach that chemically conjugates a molecular glue stabilizer to a VHL-recruiting ligand to capture and ubiquitinate the 14-3-3/Estrogen Receptor α (ERα) complex. Our designed MG PROTACs engage a composite interface between 14-3-3 and the disordered F-domain of ERα, promoting cooperative complex formation and target ubiquitination. Biophysical characterization revealed distinct linker-dependent cooperativities across the MG PROTAC series, which influenced both cellular permeability and ubiquitination efficiency. Cryo-EM of the most cooperative MG PROTAC uncovers de novo VHL–14-3-3ζ contacts, while molecular dynamics simulations rationalize the stabilizing interactions underlying cooperativity. Strikingly, fine-tuning linker design enables selective ubiquitination of distinct complex subunits. These findings establish a structural and mechanistic framework for integrating molecular glue and PROTAC principles, expanding the scope of drug discovery to previously intractable protein complexes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,217
Écart entre enseignants0,206 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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