Genome-wide identification and functional analysis of U-box E3 ubiquitin ligases gene family related to drought stress response in Musa acuminata
Notice bibliographique
Résumé
U-box proteins are a class of E3 ubiquitin ligases structurally similar to RING finger proteins but independent of metal ion coordination, and they play important regulatory roles in various biological processes such as cellular stress responses and protein homeostasis. However, research on U-box genes in banana (Musa acuminata, Cavendish, ‘DH-PaHang’) remains limited. In this study, we identified 90 MaPUBs based on the genome sequence of Musa acuminata. Phylogenetic analysis revealed that PUB genes from Musa acuminata, Arabidopsis thaliana, Oryza sativa and Mangifera indica could be categorized into four distinct groups (I–IV). Additionally, the examination of conserved motifs and gene architectures further validated the phylogenetic tree, offering compelling support for the inferred evolutionary relationships. The MaPUBs are distributed across all 11 chromosomes at varying densities. The analysis of cis-acting elements indicates that MaPUBs are potentially involved in diverse biological processes, reflecting their functional versatility in modulating gene expression and cellular functions Based on transcriptomic data showing distinct expression patterns of MaPUB genes at five time points under drought stress, we randomly selected 12 genes for qRT-PCR analysis to identify drought-tolerance candidates. Based on transcriptomic analysis and expression profiling validation, we selected the MaPUB79 gene, which exhibited high expression levels across all three time periods and was consistent with the RNA-Seq data, for further functional validation to elucidate its role in the drought response mechanism.Using virus-induced gene silencing (VIGS) to suppress MaPUB79 expression led to a marked decline in the drought resistance of Musa acuminata. In summary, this study performed a systematic genome-wide characterization of the PUB gene family in Musa acuminata, offering key insights into PUB-mediated drought resistance mechanisms. These findings provide a theoretical basis for future investigations into the functional roles and underlying mechanisms of the crop’s response to drought stress.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».