Mycobacterium tuberculosis transmission dynamics within prisons: a population-based genomic study
Notice bibliographique
Résumé
Background One barrier to intervening in the global tuberculosis pandemic is that it is unknown whether Mycobacterium tuberculosis transmission largely occurs through repeated close exposures among few contacts or many shorter-term contacts. Identifying sources of transmission is particularly urgent in congregate settings like prisons with high incidence of infection. Our aim was to identify the type of contacts associated with M. tuberculosis transmission risk within prisons. Methods We conducted genomic surveillance in a prison system in Central West Brazil. We whole genome sequenced M. tuberculosis isolates and collected detailed incarceration histories. We modeled transmission linkages as a function of different types of prison exposures, using genomic clustering as a proxy for transmission and controlling for multiple pairwise comparisons. Findings We collected detailed incarceration histories for 595 individuals, mean age 31 (ST—standard deviation 8.5) and 99% men, from whom we sequenced 550 high quality M. tuberculosis genomes. In a binomial model, a month-long increase in exposure to an individual with tuberculosis within a prison cell increased the odds of pairwise genomic clustering by 14% (odds ratio—OR: 1.14, 95% CI: 1.09–1.19) and a six-month increase in exposure doubled the odds of genomic clustering (OR: 2.24, 95% CI: 1.73–2.91). Most (83%; 494 of 595) individuals with tuberculosis had at least one potential day-long exposure in a prison cell to another individual with tuberculosis, and frequently many, with a median of 8 (interquartile range—IQR: 4–12) potential unique exposures to individuals in prison cells. Frequent movements by the prison system create a highly connected contact network: individuals with tuberculosis were transferred a median of 8 (IQR: 4–13) times in the 2 years before diagnosis. Interpretation While documented cell-level exposures can explain a significant proportion of M. tuberculosis transmission, most transmission links occur outside prison cells, either from other contacts in the same prison or from unreported or unsampled exposures. Our results support the urgent expansion of prison-wide mass screenings, tuberculosis preventive therapy, and structural interventions to reduce transmission risk in prisons and other congregate settings. Funding National Institutes of Health (NIAID: 5K01AI173385, R01AI100358, and R01AI149620).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».