Clinicogenomic Characterization of Primary Sclerosing Cholangitis–Associated Biliary Tract Cancers
Notice bibliographique
Résumé
PURPOSE: Biliary tract cancer (BTC) is the leading cause of death in patients with primary sclerosing cholangitis (PSC). PSC-related BTC is poorly understood, and the risks and benefits of conventional and immunotherapy treatments are unknown. We aimed to characterize clinical outcomes and genomes of PSC-related BTCs. EXPERIMENTAL DESIGN: This was a retrospective cohort study of patients with BTC with underlying PSC treated at MD Anderson Cancer Center (N = 46) and Princess Margaret Cancer Centre (N = 16), which were contrasted to patients with non-PSC-related BTC (N = 146). We compared outcomes between PSC and non-PSC, and PSC treated with and without immunotherapy. A combination of targeted sequencing (N = 139), whole-genome sequencing (WGS; N = 27), and WGS with paired RNA sequencing (N = 33) delineated the genomic and transcriptomic landscape of PSC-associated BTCs. RESULTS: In PSC-related BTC, the addition of immunotherapy to chemotherapy was associated with improved first-line progression-free survival (PFS; N = 22 vs. 11; median PFS, 12.2 vs. 4.7 months; P = 0.01). Immune-related adverse events were rare (N = 2, 12.5%) and improved after treatment discontinuation. Classic actionable genomic alterations, including IDH1 mutations and FGFR2 fusions, were absent in PSC-related BTCs. PSC tumors had a 2.6-fold higher tumor mutational burden (P = 3.28e-05) compared with non-PSC tumors. Transcriptomic profiling revealed a subset of PSC tumors displaying RNA signatures of immunotherapy response. CONCLUSIONS: Immunotherapy in PSC-associated BTCs seemed safe, with a potential signal of effectiveness. Given the sample size and retrospective design, these results are hypothesis-generating. Together, these results demonstrate the unique biology underlying PSC-associated BTCs, highlighting the need for prospective trials and the development of specialized treatment strategies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».