Evaluation of DNA extraction methods for clinical Mycobacterium tuberculosis primary liquid culture for whole-genome sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Whole-genome sequencing (WGS) has potential for determining the complete drug-resistance profile of clinical Mycobacterium tuberculosis (Mtb) strains. Cetyltrimethylammonium-bromide (CTAB), the conventional method for Mtb DNA extraction, is labour-intensive and difficult to implement in routine laboratory settings. This study evaluated the performance of commercial kits to extract DNA from clinical primary liquid cultures (CPC). Mtb-positive decontaminated sputum sediments were pooled and used to inoculate mycobacteria-growth-indicator tubes (MGIT). Positive non-contaminated MGIT cultures were pooled and aliquoted to generate 10 technical replicate isolates for DNA extraction by CTAB method with (+) or without (-) RNAse and nine DNA extraction commercial kits (+/-modifications): Zymo-DNA Clean and Concentrator, Zymo-Quick-DNA Fungal/Bacterial (+ lysozyme-digestion), InstaGene (IGM) +/-RiboLyser Homogeniser (RH), GenoLyse (+/-precipitation), FluoroLyse (+/-precipitation), PrepGEM-Bacterial (+/-precipitation), NucleoSpin-Tissue, NucleoMag-Pathogen, and Gene-Xpert buffer (+ precipitation or +purification). Genomic libraries for WGS were generated using the Illumina DNA-Prep Kit and evaluated for quality using NanoDrop, Qubit DNA ds/HS and TapeStation assays. Ten performance parameters were evaluated out of a score of 5: quantity of total dsDNA, DNA purity ratio A260/280 and A260/230, PCR amplifiability (targeting the pncA gene, 615 bp), concentration of genomic libraries (ng/µl), library fragment size (bp), mapped percentage, median coverage, turnaround time and cost. IGM/RH showed the highest overall performance, followed by IGM, CTAB/RNase, GenoLyse+precipitation, and FluoroLyse+precipitation. Commercial methods achieved sequencing results comparable to CTAB while requiring shorter processing times and lower costs. Simplified commercial extraction methods can produce DNA suitable for WGS from CPC samples while reducing processing time and cost compared with CTAB, supporting their use in routine TB workflows.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».