Evaluation of Phenotypic and Genotypic Susceptibility Testing Methods for Newer β-lactam/β-lactamase Inhibitor Combinations in Multidrug Resistant <i>Pseudomonas aeruginosa</i>
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Ceftazidime-avibactam (CZA), ceftolozane-tazobactam (CT), and imipenem-relebactam (IMR) are newer β-lactam/β-lactamase inhibitor (BL/BLI) combinations used for treatment of multidrug resistant (MDR) Pseudomonas aeruginosa, although resistance has already emerged. Optimal use of these agents relies on timely, accurate susceptibility testing results and understanding of local resistance mechanisms. METHODS: 183 MDR P. aeruginosa clinical isolates were used to evaluate the performance of commercial Sensititre and Phoenix panels for CZA, CT, and IMR susceptibility testing compared to broth microdilution (BMD). Genomic resistance determinants were also predicted for each isolate with AMRFinderPlus. RESULTS: Categorical agreement (CA) of the Sensititre panel compared to BMD was 95.8%, 90.1%, and 95.8% for CZA, CT, and IMR, respectively. CA of the Phoenix panel was 83.0% for CZA and 85.7% for CT. The Phoenix panel was biased toward under-calling CZA resistance while error rates were acceptable for CT by the error-rate-bound method. AMRFinderPlus identified acquired β-lactamases in 4.6% of first-time patient isolates. CA of genotype with BMD was 74.9% for CZA, 91.9% for CT, and 90.7% for IMR. However, all agents had unacceptably high VME rates using genotypic testing because many phenotypically resistant isolates had no identifiable genotypic resistance determinants. CONCLUSIONS: The Sensititre panel met standard acceptance criteria while the Phoenix panel had low CA for all tested BL/BLIs compared to BMD. Acquired β-lactamases were a rare cause of BL/BLI resistance. Further understanding of resistance mechanisms is required before phenotypic BL/BLI resistance can be reliably predicted from genotype, especially in settings where prevalence of acquired β-lactamases is low.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,014 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».