Winter‐active spiders ( <i>Clubiona</i> ) have a hyperactive antifreeze protein with a unique beta‐solenoid fold
Notice bibliographique
Résumé
Spiders are among the most important natural enemies of pests in orchards. Clubiona spp. are active even during winter, when other pest predators are dormant. Such activity is possible because these spiders produce antifreeze proteins (AFPs) that bind to the surface of ice crystals to prevent their growth at subzero temperatures. To investigate their AFPs, we collected Clubiona spiders from a pome fruit orchard in the Czech Republic on subzero days in December and February. The AFPs were isolated through five successive rounds of ice-affinity purification as a family of ~30-kDa isoforms. Tryptic fragments from these AFPs were sequenced using tandem mass spectrometry and corresponding transcripts were obtained from an Illumina metatranscriptome. Homologs were absent from the GenBank protein database. Protein modelling with AlphaFold2 shows that these spider AFPs form a previously unseen β-solenoid with a flat surface populated by arrays of threonine (Thr) residues. Although these features are like those of the β-solenoid AFPs from beetles and moths, the proteins are not homologous. This is a remarkable example of convergent evolution of proteins at both the structural and sequence levels for the task of binding ice.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».