Genetic landscape of Borrelia burgdorferi sensu stricto in Canada: a study of genetic diversity
Notice bibliographique
Résumé
Borrelia burgdorferi sensu stricto (s.s.), the causative agent of Lyme disease in North America, exhibits considerable genetic diversity. In order to gauge rates of recombination and the degree of geographically structuring within the population we carried out a comprehensive whole-genome comparison of B. burgdorferi s.s. strains (n = 64) across three Canadian regions - Nova Scotia (NS), Ontario (ON), and Manitoba (MB). Using a multi-marker approach (MLST, ospC, RSP, RST, IGS), we identified 12 genetically coherent groups that were stable across both core and accessory genome phylogenies. Our analyses reveal a clear geographic gradient of clonality, with NS harboring highly clonal and modular populations (clonal ratio = 4, modularity Q = 0.68), while ON/MB strains exhibited more recombination, shared markers, and genetic connectivity. Genes like ospC showed high recombination rates (R/θ = 4.25), whereas others (ospA, P45-13) evolved primarily via mutation (R/θ < 0.10), illustrating distinct selective pressures in host versus vector environments. Despite these differences, lineages remained phylogenetically robust across markers. These findings highlight how evolutionary processes shape the structure and diversity of B. burgdorferi s.s. populations in Canada and provide insights into its geographic spread and population ecology.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».