Association between type and location of germline BRCA1/2 pathogenic or likely pathogenic variants with phenotype and prognosis in young patients with breast cancer: results from an international cohort study
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The clinical implications of specific pathogenic and likely pathogenic variant (LP/PV) types and locations in the BRCA1 orBRCA2 tumor-suppressor genes remain to be elucidated. PATIENTS AND METHODS: The BRCA BCY Collaboration (NCT03673306) is an international, multicenter, hospital-based, retrospective cohort study that included BRCA carriers diagnosed with invasive breast cancer at the age of ≤40 years between January 2000 and December 2020. In this analysis, only patients with detailed available information on LP/PVs in the BRCA genes were included. Clinicopathological features and survival outcomes [disease-free survival (DFS) and overall survival (OS)] were investigated according to LP/PV type [insertion-deletion (indel) versus single-nucleotide variants versus copy number variations; truncating versus non-truncating LP/PVs; frameshift versus nonsense versus splicing versus missense LP/PVs] and location (exon involved and protein domain). RESULTS: Out of 5660 patients from 109 centers worldwide, 3294 were eligible for the present analysis (2080 BRCA1 and 1214 BRCA2). The distribution of LP/PV types showed no meaningful associations with baseline clinicopathological features. BRCA1 protein-truncating variants were associated with worse OS compared with non-truncating variants [hazard ratio (HR) 2.00, 95% confidence interval (CI) 1.17-3.41]. A similar, though non-significant, trend was observed for BRCA2. Missense variants were linked to better OS for both BRCA1 (HR 0.48, 95% CI 0.28-0.84) and BRCA2 carriers (HR 0.17, CI 0.03-0.96). Regarding variant location, BRCA1 LP/PVs outside exons 2, 10, and 19 were associated with improved OS. In BRCA2, LP/PVs located in exons 15-26 and other regions were linked to worse DFS compared with those in exon 10, with no significant differences in OS. CONCLUSIONS: This study advances our understanding of the influence of specific types of BRCA LP/PVs on breast cancer characteristics and outcomes. A deeper understanding of these variant-specific features will drive future research and support the development of tailored clinical strategies based on individual BRCA variant.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».