The ICGC ARGO data dictionary for standardizing global cancer clinical data
Notice bibliographique
Résumé
The International Cancer Genome Consortium Accelerating Research in Genomic Oncology (ICGC ARGO) project is an international initiative to sequence germline and tumour genomes from 100,000 cancer patients across 13 countries and 22 tumour types. By integrating genomic data with comprehensive clinical information including treatment outcomes, lifestyle, environmental exposures and family history, ICGC ARGO aims to accelerate the application of genomic insights in cancer diagnosis, treatment and prevention. However, a major challenge is harmonizing clinical data from diverse tumour types worldwide. To address this, the ICGC ARGO Data Dictionary was developed to ensure consistent high-quality clinical data collection by defining a minimal set of clinical fields within an event-based data model to capture clinical relationships and support longitudinal data collection. Grounded in international standardized terminology, it is interoperable with other data standards such as Minimal Common Oncology Data Elements (mCODE). Its adoption by global initiatives such as the European-Canadian Cancer Network (EUCANCan) and the Marathon of Hope Cancer Centres Network (MOHCCN) underscores its broad impact on advancing precision oncology research.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,018 | 0,062 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,010 | 0,016 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,007 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,006 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,014 | 0,014 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».