Rapid purification of DNA samples from dextran sodium sulfate (DSS) contaminants
Notice bibliographique
Résumé
Dextran sodium sulfate (DSS) is widely used to model colonic inflammation and colorectal cancer. However, it is a potent inhibitor of DNA polymerase, necessitating its removal prior to downstream analysis. Currently, there is no robust, widely applicable method of removing DSS from DNA samples. Here, we demonstrate that cetyltrimethylammonium bromide (CTAB) buffer enables rapid and efficient removal of DSS from mouse stool DNA. In the absence of CTAB, DSS inhibited PCR reactions at concentrations of 136 nM and above. CTAB effectively removed DSS from DNA samples processed by both phenol-chloroform extraction and column cleanup kits. 700 μL of CTAB was able to remove up to 93 nmol (4 mg) of DSS after one round of cleanup, while two rounds removed up to 465 nmol (20 mg) of DSS. Purified genomic DNA was suitable for subsequent quantitative PCR analysis. • We established a protocol to remove sodium dextran sulfate (DSS) contamination from purified genomic DNA. • The purification method can be incorporated into a wide range of DNA extraction protocols. • Purified genomic DNA is of high quality and is suitable for subsequent quantitative PCR analysis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».