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Enregistrement W4416431993 · doi:10.12688/f1000research.156426.1

25 Years of BOSC, the Bioinformatics Open Source Conference

2024· article· en· W4416431993 sur OpenAlexaboutno aff
Nomi L. Harris, Karsten Hokamp, Jessica M. Maia, Hervé Ménager, Monica C. Munoz-Torres, Swapnil Sawant, Deepak Unni, Jason G. Williams

Notice bibliographique

RevueF1000Research · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetics, Bioinformatics, and Biomedical Research
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesBasic Energy SciencesU.S. Department of EnergyOffice of ScienceNational Science FoundationNational Institutes of HealthAeronautical Science Foundation of China
Mots-clésOpen sourceOpen scienceOpen dataEvent (particle physics)Open peer reviewOpen university

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

<ns3:p>The 25th annual Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2024, open-bio.org/events/bosc-2024) was part of the 2024 conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2024). Launched in 2000 and held yearly since, BOSC is the premier meeting covering open-source bioinformatics and open science. ISMB 2024 was held in Montréal, Canada, with an online participation option. A total of nearly 2000 people attended; about 200 people participated in BOSC sessions. Over the course of two days, BOSC covered a wide range of topics in open science and open source bioinformatics, including Data Analysis, Open Data, Visualization, Developer Tools and Libraries, Standards and Frameworks for Open Science, and Open AI/ML. Mélanie Courtot delivered an impactful first keynote with a perspective on how “The Data Shows We Need Better Data”. The second keynote speaker, Andrew Su, discussed “Open Data, Knowledge Graphs, and Large Language Models.” BOSC ended with a panel, “Open Source AI/ML: A Game Changer for Bioinformatics?,” in which Lawrence Hunter and Thomas Hervé Mboa Nkoudou joined BOSC’s keynote speakers as panelists. Immediately following BOSC, the CollaborationFest was held at Montréal’s University of Québec campus. First launched in 2010, CoFest is a collaborative work event held yearly around BOSC. This year’s CoFest included 42 participants who worked together on 10 projects.</ns3:p>

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,667
Score d'incertitude au seuil0,343

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0020,002
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,046
Tête enseignante GPT0,354
Écart entre enseignants0,308 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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