Spatial and Temporal Patterns of Prion Gene Variation Are Consistent With a Response to Chronic Wasting Disease‐Induced Selection in Wild White‐Tailed Deer
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Chronic wasting disease (CWD) poses a threat to cervids and is increasingly prevalent throughout North America. Prion protein gene ( PRNP ) variation may confer some degree of genetic resilience, creating an impetus to examine changes in allelic variation and to assess signatures of selection. We investigated the association between CWD and PRNP variation in white‐tailed deer (WTD) ( Odocoileus virginianus ) and mule deer (MD) ( Odocoileus hemionus ) sampled in Alberta, Canada between 2014 and 2017. We sequenced the PRNP gene of 575 WTD (67 CWD‐positives) and 660 MD (202 CWD‐positives) and detected 14 single nucleotide polymorphic loci in WTD and 8 in MD. No association was identified between the MD genetic variation and disease status. Notably, a variant at 286 was detected in WTD, resulting in an amino acid change at codon 96 (G96S). Genotype counts at this locus were significantly associated with CWD status, with the 96S allele under‐represented among CWD‐positive and over‐represented among negative individuals. For a CWD‐positive individual, the odds of being homozygous for the major allele (G96/G96) were more than sevenfold greater than being homozygous for the minor allele (96S/96S). Following additional sequencing of 1612 WTD, we examined spatial and temporal variability of this locus in association with the disease history on the landscape. Among females, the frequency of 96S varied negatively with the distance to where CWD was first detected. Additionally, the 96S allele frequency has increased over time, in line with expectations based on estimated disease selection coefficients. Our results are consistent with CWD selection pressure resulting in increasing frequency of the 96S allele in space and time, indicating it may confer some resilience and extended infection with CWD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».