A CD8+ CD27+ TIM-3+ T cell population expanded in chronically rejected human lung allografts 4126
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Description Long-term survival in lung transplantation is limited by the eventual development of chronic lung allograft dysfunction (CLAD), resulting in the loss of the transplanted lung. We hypothesized that analysis of the pulmonary T cell transcriptome would reveal novel T cell populations that drive CLAD pathogenesis. Human lung tissue samples (9 CLAD, 5 donor as healthy control) were obtained and processed into single cell suspensions. T cells were enriched through magnetic selection of CD45+ leukocytes followed by fluorescence-activated cell sorting. Sorted cells then underwent 5’ single cell RNA sequencing (scRNAseq) using 10x Genomics. scRNAseq data was analyzed using Seurat. T cell clusters of interest were validated at the protein level using spectral flow cytometry Comparison between lung samples revealed a cluster that was only present in CLAD samples (6/9 CLAD lungs vs. 0/5 donor lungs, Fig A), characterized by RNA expression of CD8, CD27 and HAVCR2 (TIM-3, Fig B). Flow cytometry analysis of T cells from CLAD lungs (n = 3) and donor lungs (n = 4) similarly showed that CD8+ CD27+TIM-3+ T cells were uniquely present in CLAD lungs (Fig C). Utilizing pseudotime trajectroy analysis to examine cellular changes, this cluster appears to be terminally differentiated (Fig D). We conclude that a CD8+ T cell population expressing CD27 and TIM-3 is enriched in CLAD lung T cells. This phenotype is suggestive of a memory/exhaustion phenotype that could play an important role in CLAD. Funding Sources New Frontiers in Research Fund - Transformation Grant Topic Categories Transplantation Immunology (TRAN)
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».