MétaCan
Menu
← Retour à la cohorte
Enregistrement W4416449526 · doi:10.1093/jimmun/vkaf283.1150

Automate tissue processing with STEMprep™ for versatile sample preparation 3334

2025· article· en· W4416449526 sur OpenAlexaff
Grace F. T. Poon, Alice Liang, Alistair Chenery, Sangyeob Lee, Jason Dixon, Payam Zachkani, Andrew Nobles, Bilal El yassem, Chris Ryan, Marc Delorme, Rodrigo Martins, Martin O’Keane, Andy I. Kokaji, Allen Eaves, Sharon A. Louis, Frann Antignano

Notice bibliographique

RevueThe Journal of Immunology · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMolecular Biology Techniques and Applications
Établissements canadiensTerry Fox Research InstituteStemcell Technologies
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical SciencesSchool of Medicine, University of South CarolinaNational Institutes of HealthUniversity of South Carolina
Mots-clésTissue sampleHomogenization (climate)CellSample preparationGene expressionCell cultureSpleen

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Description Tissue environments are specialized to support distinct functions. Analyzing cell interactions and gene expression within tissues is essential for advancing tissue research and understanding disease mechanisms. Tissue samples must first be processed with protocols that preserve cell viability, yield and functionality. However, achieving an optimal balance between enzymatic and mechanical dissociation for tissues can be time-consuming and technically demanding. To address this, we developed the STEMprep™ Tissue Dissociation system to efficiently generate single cells from tissue samples. This system features an instrument with integrated temperature control and tissue-specific programs, specialized sample tubes, and kits for enzymatic digestion. Our results demonstrate high cell viability and yield for mouse spleen (95.3 ± 2.7%, 1.2E8 ± 3.2E7 cells/tissue), brain (89.2 ± 4.7%, 2.6E6 ± 5.6E5 cells/tissue), lung (90.6 ± 2.9%, 1.5E7 ± 4.0E6 cells/tissue), liver (90.0 ± 5.1%, 6.1E7 ± 6.7E7 cells/tissue), and CT26 tumors (82.9 ± 6.1%, 2.6E4 ± 1.3E4 cells/mg tissue). STEMprep™-processed samples are compatible with EasySep™ cell isolation, and functional in cell-specific downstream assays. High-quality RNA can also be extracted directly using a homogenization protocol, enabling gene analysis workflows. The STEMprep™ Tissue Dissociation system streamlines tissue processing compared to manual procedures, enhancing consistency, throughput, and efficiency to accelerate tissue research. Topic Categories Technological Innovations in Immunology (TECH)

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,016
Score d'incertitude au seuil0,055

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0160,015

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,297
Écart entre enseignants0,290 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueThe Journal of Immunology→Même sujetMolecular Biology Techniques and Applications→Travaux en français237 207→