Functional characterization of PAX5 gene circular products in B-cell development and function 4458
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Description PAX5 is crucial for B-lineage commitment and adaptive immunity. Recently, we identified a novel class of PAX5 products in B cells: circular RNAs (circRNAs). Given PAX5’s central role in B-cell biology, we hypothesized that PAX5 circRNAs (circPAX5) contribute to B-cell development and function. Using deep sequencing of B-cell lines and primary peripheral blood B-lymphocytes, we mapped 10 distinct circPAX5 isoforms comprising various exon and intron combinations from the PAX5 locus. Notably, the most abundant isoform, circPAX5 2-5, encompasses sequences exons 2 to 5. To explore circPAX5 signaling pathways, we isolated circPAX5 complexes from B-cell lines and characterized their co-interacting partners (miRNAs and proteins) via deep sequencing and mass spectrometry. Intriguingly, circPAX5 interacted with distinct signaling partners depending on the B-cell developmental stage. These findings suggest that circPAX5 plays stage-specific roles by engaging unique interaction networks across B-cell subtypes. To assess circPAX5’s phenotypic impact, we conditionally expressed circPAX5 in various B-cell lines. Similarly, we found that circPAX5 silencing altered cellular growth rates in a differentiation state- and subtype-dependent manner. Altogether, we present circPAX5 products as a new layer of signaling networks mediating B-cell biology. The functional elucidation of circPAX5 products may provide new insight to mechanisms supporting B-cell differentiation and immune development. Funding Sources Supported by NSERC-DDG-2020-00005 Topic Categories Hematopoiesis and Immune System Development (HEM)
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».