Comparative glycomic analysis of <i>Mimiviridae</i> and <i>Marseilleviridae</i> uncovers host-related and lineage-specific glycosylation
Notice bibliographique
Résumé
Giant viruses encode unusual glycosylation machinery distinct from their amoebal hosts, raising fundamental questions about how their glycans are synthesized and diversified. Here, we present a comparative glycomic analysis of mimivirus, tokyovirus and hokutovirus, together with their common host Acanthamoeba castellanii. The main objective of this study was to determine whether giant viruses rely on host-derived N-glycosylation, or alternatively employ virus-encoded pathways to generate lineage-specific O-glycans, and to assess how these processes differ across virus families. N-glycan profiling revealed that all three viruses lack canonical eukaryotic core structures, in contrast to amoebal high-mannose N-glycans carrying pentose and phosphate residues. This finding demonstrates that giant viruses do not exploit the host secretory pathway for N-glycosylation, but instead depend on alternative mechanisms. O-glycan analyses showed lineage-specific patterns: family Marseilleviridae members tokyovirus and hokutovirus, displayed highly similar profiles, with minor virus-specific differences, whereas mimivirus exhibited structurally distinct glycans. Genomic inspection revealed that tokyovirus encodes only five glycosyltransferase-like genes, while A. castellanii harbours candidate enzymes for unusual monosaccharides. These findings clarify the distinct contributions of host and viral pathways and highlight evolutionary diversification of glycosylation among giant viruses.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».