Topoisomerase IIb binding delineates localized mutational processes and driver mutations in cancer genomes
Notice bibliographique
Résumé
Type-II topoisomerases resolve topological stress in DNA through double-strand breaks. While topoisomerases are chemotherapy targets linked to therapy-related genotoxicity, TOP2B is uniquely positioned to influence mutagenesis through its activity in non-dividing cells and sensitivity to topoisomerase poisons. To investigate this, we generated DNA-binding maps of TOP2B, CTCF, and RAD21 in human cancer samples and analyzed these for driver mutations and mutational processes across 6500 whole cancer genomes. TOP2B-CTCF-RAD21 and TOP2B-RAD21 sites are enriched in somatic mutations and structural variants, particularly at sites with evolutionary conservation, high transcription and long-range chromatin interactions. TOP2B binds driver genes such as TP53, MYC, FOXA1, and VHL, and many frequently mutated non-coding regions. We show that one non-coding TOP2B-bound element at the non-coding RNA gene RMRP drives tumor initiation and growth in vivo. Our study highlights TOP2B as a safeguard of genome integrity and a marker of mutational processes and hotspots in cancer, underscoring implications for cancer genomics research. Topoisomerases resolve topological DNA stress via double-strand breaks and are established targets of cancer chemotherapies. Here, the authors link genomic binding of TOP2B with localized mutational processes in cancer genomes that include prominent driver genes and translocation hotspots.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».