MiMeDB 2.0: the Human Microbial Metabolome Database for 2026
Notice bibliographique
Résumé
The Microbial Metabolome Database (MiMeDB) (https://mimedb.org) is a comprehensive, freely accessible resource linking human-associated microbes to the metabolites they produce, along with their connections to human health, disease, and diet. Since the release of MiMeDB 1.0 in 2023, the database has been substantially expanded and redesigned. Major updates include the systematic addition of millions of newly annotated genes and pathways, thousands of new metabolites, significantly expanded pathway and reaction coverage, along with broader representation of eukaryotic gut microbes. MiMeDB 2.0 now contains >12.9 million annotated microbial genes, over 23.1 million microbial pathways, 29 295 metabolites, 21 829 metabolic reactions, 3725 microbial species and strains, and 514 076 new experimental and predicted nuclear magnetic resonance and mass spectrometry spectra of microbial metabolites. New features, such as detailed microbial descriptions, metabolite origin tags, refined search filters, and species-specific reaction queries, have been added to enhance usability. Likewise, redesigned network and genome viewers have been implemented to support more comprehensive, intuitive, and integrated visualization of complex, multi-omic relationships. The significant addition of more metabolite spectral data and improved spectral search capabilities further strengthen metabolite identification and discovery. Together, these improvements make MiMeDB 2.0 one of the most comprehensive and user-friendly platforms for investigating the human microbiome at a molecular level and exploring the roles of microbes and microbial metabolites in human health, diet, and disease.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,050 | 0,053 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».