Temperature predictability and introduction history affect the expression of genes regulating DNA methylation in a globally distributed songbird
Notice bibliographique
Résumé
Phenotypic plasticity is a major mechanism whereby organisms adjust their traits within‐generations to changes in environmental conditions. In the context of range expansions, plasticity is thought to be especially important, as plastic changes in traits can lead to rapid adaptation. One epigenetic process in particular, DNA methylation, enables organisms to adjust gene expression contingent on the environment, which suggests it may play a role in range expansions. At present, we know little about how methylation is regulated in wildlife, especially expression of the enzymes responsible for altering methyl marks on the genome. In this study, we compared expression of three epigenetic regulator genes (DNA methyltransferase 1, DNMT1; DNA methyltransferase 3, DNMT3; and one ten‐eleven translocation methylcytosine dioxygenase, TET2) in three tissues (gut, liver, and spleen) of house sparrows Passer domesticus from nine countries. Some countries are in the native range of the species (Israel, the Netherlands, Norway, Spain, and Vietnam) whereas others are sites the species has colonized in the last 150 years (i.e. Australia, Canada, New Zealand, and Senegal). In this exploratory study, we asked whether non‐native birds and/or birds from sites with comparatively unpredictable climates would express different levels of these genes. We found that all three genes were expressed more in sparrows from the native range and from areas with more stable temperatures. Expression of all three genes was also strongly correlated among‐locations and within‐individuals, but mean expression was quite different among tissues. Many factors (e.g. urbanization of the capture site, sex of the bird) did not significantly affect gene expression, but others surprisingly did (e.g. latitude). Our results suggest that these enzymes could be important in range expansions or geographic distribution generally, but more detailed investigations will be insightful.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».