Epigenetic signature of prenatal heat stress: DNA methylation changes in whole blood of dairy calves from birth to weaning
Notice bibliographique
Résumé
The maternal environment during gestation influences fetal development, with long-lasting effects on postnatal health and productivity.This study evaluated the effect of prenatal heat stress (PNHS) on blood DNA methylation of dairy calves immediately after birth and whether such modifications persist into early life.Holstein calves were born to dams exposed to either PNHS (n = 36, temperature-humidity index >68, access to shade of a freestall barn) or prenatal cooling (PNTN; n = 37, access to shade and evaporative cooling) during the last 54 ± 5 d of gestation.Whole-genome enzymatic DNA methyl sequencing was performed on blood samples collected at birth (d 0; n = 3 PNHS, n = 5 PNTN) and 1 wk post-weaning (d 63 of age; n = 8 PNHS, n = 8 PNTN).From birth onward, all calves were actively cooled and managed under the same conditions.At birth, 682,898 differentially methylated cytosines (DMC) were identified genome-wide.Principal component analysis using 55,304 DMC located in genes expressed in blood cells revealed a clear clustering by prenatal treatment.However, at weaning, clear clustering by treatment was no longer observed using 23,977 treatment-associated DMC in blood-expressed genes, despite 97,289 DMC persisting genome-wide from birth to weaning.Immune cell deconvolution showed only minor differences in granulocytes (d 0) and CD4/CD8 + T cell proportions (d 63), suggesting methylation changes were not driven by cell-type composition.Gene ontology analysis identified more than 30 enriched pathways at each time point, mainly related to immunity, inflammation, and metabolism.Several differentially methylated genes (e.g., NMI, DUSP6, CD38, VPS37B) were common to both time points, suggesting persistent programming.Despite attenuation of global differences at weaning, a subset of 500 highly discriminant DMC remained informative for treatment separa-tion.Blood-based methylation signatures could serve as early biomarkers of prenatal heat stress exposure and guide management and selection strategies to improve calf resilience.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».