Dataset 1. Raw data behind Figures 1, 2, 3 and 4
Notice bibliographique
Résumé
Development of fluorescent proteins (FPs) enabled researchers to visualize protein localization and trafficking in living cells and organisms. The extended palette of available FPs allows simultaneous detection of multiple fluorescent fusion proteins. Importantly, FPs are originally derived from different organisms from jelly fish to corals and each FP displays its own biophysical properties. Among these properties, the tendency of FPs to oligomerize inherently affects the behavior of its fusion partner. Here we employed the budding yeast Saccharomyces cerevisiae to determine the impact of the latest generation of red FPs on their binding partner. We used a yeast assay based on the aggregation and toxicity of misfolded polyQ expansion proteins linked to Huntington’s disease. Since polyQ aggregation and toxicity are highly dependent on the sequences flanking the polyQ region, polyQ expansions provide an ideal tool to assess the impact of FPs on their fusion partners. We found that unlike what is observed for green FP variants, yemRFP and yFusionRed-tagged polyQ expansions show reduced toxicity. However, polyQ expansions tagged with the bright synthetically engineered ymScarlet displayed severe polyQ toxicity. Our data indicate that ymScarlet might have significant advantages over the previous generation of red FPs for use in fluorescent fusions in yeast.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,065 | 0,112 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».